Eläinperäisten sivutuotteiden ja niistä johdettujen tuotteiden mukana on kuljetuksen aikana oltava lähettävän tahon laatima kaupallinen asiakirja. Suomen sisäisissä sivutuotteiden siirroissa ei toimijoiden ole pakko käyttää virallista sivutuoteasetuksen mukaista kaupallista asiakirjaa, vaan hyväksytyksi asiakirjaksi voidaan katsoa esimerkiksi kuormakirja, rahtikirja, lähetyslista tai siirtoasiakirja, joka sisältää kaupallisessa asiakirjassa mainitut tiedot. Kuljetettaessa sivutuotteita tai niistä johdettuja tuotteita EU:n sisällä jäsenvaltioista toiseen, on käytettävä komission vahvistaman kaupallisen asiakirja mallia.
Kaupallisessa asiakirjassa on oltava vähintään seuraavat tiedot:
- lähetyspäivämäärä
- lähettävän laitoksen nimi ja osoite sekä hyväksyntä/rekisteröintinumero
- kuljetusliikkeen nimi ja osoite sekä rekisteröintinumero
- vastaanottajan nimi ja osoite sekä tämän hyväksyntä/rekisteröintinumero
- aineksen kuvaus ja sivutuoteluokka
- luokan 3 sivutuotteiden ja niistä johdettujen tuotteiden osalta eläinlajit, joista ko. tuote on valmistettu, jos ne on tarkoitettu käytettäväksi rehuaineena, esimerkiksi sian sisäelimiä, naudan pestyjä mahoja, kalkkunan kauloja
- aineksen määrä (vähintään lähettävän laitoksen tekemä arvio määrästä) sekä
- tarvittaessa ainekselle tehty käsittely, esimerkiksi hapotus
- lähetyksen vastuuhenkilön allekirjoitus
Suomen sisäisissä siirroissa käytettävä asiakirja voi olla paperinen tai sähköinen. Paperinen kaupallinen asiakirja laaditaan vähintään kolmena kappaleena: alkuperäiskappale ja kaksi jäljennöstä. Alkuperäinen kappale kulkee lähetyksen mukana vastaanottajalle ja vastaanottajan on säilytettävä se itsellään. Lähettävälle laitokselle ja kuljetuksesta vastaavalle kuljetusliikkeelle jäävät jäljennökset. Kaupallisen asiakirjan laatii sivutuotteita lähettävä laitos. Sivutuotteiden lähetyksestä vastaava henkilö lähettävässä laitoksessa allekirjoittaa kaupallisen asiakirjan.
Lähettävien ja vastaanottavien laitosten sekä kuljetusliikkeiden on pidettävä kirjaa sivutuotteiden lähetyksistä. Vaatimus täyttyy säilyttämällä kaupallista asiakirjaa vähintään kaksi vuotta. Kaupallisen asiakirjan säilytys voi tapahtua myös sähköisessä muodossa eli paperinen kaupallinen asiakirja voidaan skannata sähköiseen arkistoon. Kirjanpidon tulee olla pyydettäessä toimivaltaisen viranomaisen tarkastettavissa.
Sivutuotteita lähettävän laitoksen on merkittävä kaupalliseen asiakirjaan sivutuotteiden määrä. Lähettävä laitos voi joko punnita sivutuotteiden määrän tai arvioida määrän kilogrammoina. Sivutuotteet vastaanottava laitos täydentää lopullisen punnitustuloksen kaupalliseen asiakirjaan.