Ruokavirasto voi puuttua eläinlääkärin toimintaan, jos tämä on ammatissaan menetellyt lainvastaisesti. Valtaosa kanteluista ei kuitenkaan anna viranomaiselle aihetta ryhtyä toimenpiteisiin. Mikäli Ruokavirasto kuitenkin katsoo, että eläinlääkärin menettelyssä on korjattavaa, on tyypillisin seuraamus hallinnollinen ohjaus. Tämä tarkoittaa sitä, että eläinlääkärin huomiota kiinnitetään havaittuun epäkohtaan, ohjeistetaan asiaankuuluvista menettelytavoista vastaavan varalle tai annetaan huomautus.
Vakavimmissa tapauksissa Ruokavirasto voi antaa moitittavaksi tai virheelliseksi katsomastaan menettelystä varoituksen, jos hallinnollista ohjausta ei voida pitää riittävänä.
Ruokavirasto voi myös rajoittaa eläinlääkärin toimintaa ammatissaan tai poistaa ammatinharjoittamisoikeuden silloin, kun huomautus tai varoitus ei ole johtanut puutteen korjaamiseen. Tällöin kyse on tyypillisesti virheellisestä menettelystä tai laiminlyönnistä, joka on vakavaa ja toistuvaa. Eläinlääkärirekisterin julkisesta tietopalvelusta voi tarkastaa, onko eläinlääkärin toimintaa rajoitettu.
Tarvittaessa Ruokavirasto voi määrätä eläinlääkärin ammattitaito- tai työkykyselvitykseen. Selvitykseen määrääminen on hyvin poikkeuksellista ja edellyttää laissa säädettyjen kriteereiden täyttymistä. Ruokavirasto arvioi työ- ja ammattitaitoselvityksen tarvetta kuten muitakin seuraamuksia tapauskohtaisesti. Yksittäiset hoitovirheet eivät vielä johda tarpeeseen selvittää eläinlääkärin ammattitaitoa.