Rokottamalla pyritään ennaltaehkäisemään tai lieventämään infektiotauteja ja niiden aiheuttamia tappioita. Rokotuksilla saadaan parannetuksi eläimen vastustuskykyä tiettyjä infektionaiheuttajia vastaan. Jos vastustuskyky perustuu eläimen omien solujen toimintaan, kyse on aktiivisesta immuniteetista. Jos vastustuskyky aikaansaadaan antamalla eläimelle valmiita vasta-aineita, kyse on passiivisesta immuniteetista. Vastasyntyneet eläimet saavat ternimaidossa vasta-aineita, jotka antavat passiivisen suojan eri infektioita vastaan ensimmäisten elinviikkojen tai -kuukausien ajaksi.
Rokottamalla aikaansaatu suoja ei yleensä estä infektiota, mutta se voi rajoittaa infektion esimerkiksi pitämällä sen paikallisena. Saadessaan infektion rokotetut eläimet erittävät yleensä vähemmän taudinaiheuttajaa. Joissakin tapauksissa rokottamisella saadaan ehkäistyä infektion kroonistuminen tai taudinkantajien muodostuminen. Monet infektiotaudit ovat kuitenkin seurausta usean eri tekijän yhteisvaikutuksesta, joten niitä ei voida tehokkaasti ehkäistä pelkällä rokottamisella. Ennaltaehkäisevän rokottamisen lisäksi on huolehdittava eläimen hyvinvointiin vaikuttavista ympäristötekijöistä, jotta taudin puhkeaminen olisi estettävissä.
Elimistölle annetaan rokotettaessa tautia aiheuttavaa mikrobia tai sen osaa sellaisessa muodossa, että elimistön puolustusjärjestelmä aktivoituu. Parhaassa tapauksessa rokoteantigeenin aikaansaama immuunivaste on samankaltainen kuin luonnoninfektion seurauksena syntyvä. Vasteessa on mukana sekä spesifinen että epäspesifinen immuunijärjestelmä.
Rokotesuoja muodostuu humoraalisesta l. vasta-ainevälitteisestä ja/tai soluvälitteisestä immuniteetista ja kohdistuu rokotuksen jälkeen kyseistä taudinaiheuttajaa tai toksiinia vastaan. Tehosterokotuksissa immuniteetti tiettyä mikrobia vastaan aktivoituu nopeasti pitkienkin aikojen kuluttua, kun tuttu mikrobi kohdataan uudelleen. Tätä ilmiötä kutsutaan immunologiseksi muistiksi. Joissakin tapauksissa rokotteella voidaan saada ainakin osittainen suoja myös joitakin mikrobin antigeenisesti läheisiä sukulaista vastaan.
Kaksivaiheinen rokotus
Rokotuksen onnistumiseen tarvitaan yleensä vähintään kaksi rokotusta 2–4 viikon välein. Ensimmäinen rokotus saa aikaan primaarin immuunivasteen, jolloin sekä IgM- että IgG -vasta-aineet nousevat havaittavalle tasolle noin viikon kuluessa rokotuksesta. Toinen rokotus 2–4 viikon kuluttua saa aikaan sekundaarivasteen, joka on syntyy nopeammin ja on voimakkaampi kuin primaarivaste. Sekundaarivasteessa IgG -vasta-aineet alkavat nousta jo muutaman vuorokauden kuluessa.
Eläviä taudinaiheuttajia sisältävät rokotteet saavat eläimessä aikaan enemmän luonnollista infektiota muistuttavan tilan kuin tapettuja taudinaiheuttajia sisältävät rokotteet. Elävillä rokotteilla perusrokotukseksi voi riittää yksi rokotus. Perusrokotuksen jälkeen mahdollisesti saatu luonnollinen infektio tehostaa rokottamalla aikaansaatua suojaa. Luonnollisen infektion esiintyminen on epävarmaa. Siksi rokotesuoja varmistetaan antamalla eläimille tehosterokotuksia eläinlaji- ja rokotekohtaisten ohjeiden mukaisesti.
Inaktivoituja taudinaiheuttajia tai niiden puhdistettuja komponentteja sisältäviä rokotteita käytettäessä tarvitaan riittävän suojan aikaansaamiseksi yleensä vähintään kaksi perusrokotusta. Suojan säilyttämiseksi tehosterokotukset ovat aina tarpeen.
Vaikka immuunivaste olisi hyvä, ei ole lainkaan varmaa, että rokote suojaa kliiniseltä taudilta. Rokotteiden todellinen teho mitataan vasta laajamittaisessa käytössä kentällä.