Luonnonvaraisten eläinten tautiseuranta koostuu kahdesta perusosasta, kohdennetusta eli aktiivisesta seurannasta ja yleisestä eli passiivisesta seurannasta.
Luonnonvaraisten maaeläinten (myös lintujen) tutkimukset tehdään Ruokaviraston Oulun tuotanto- ja villieläinterveyden tutkimusyksikössä. Kalatautitutkimuksia tehdään Oulun lisäksi myös Kuopion ja Helsingin tuotanto- ja villieläinterveyden tutkimusyksiköissä.
Oulun toimipaikka on kansallinen parasitologian vertailulaboratorio. Kuopion toimipaikka on Maailman eläintautijärjestö OIE:n rapuruton vertailulaboratorio. Ruokaviraston virustautitutkimukset tehdään kaikki Helsingin eläintautivirologian tutkimusyksikössä.
1. Kohdennettu seuranta
Kohdennetun seurannan tavoitteellisista näytemääristä ja alueellisesta kohdentamisesta tehdään vuosittain suunnitelma, jossa huomioidaan myös käytettävissä olevat resurssit.
Rabies (eläimellä raivotauti, ihmisellä vesikauhu)
Näytteeksi kerätään yhteistyössä riistakeskusten ja paikallisten metsästäjien kanssa pienpetoja, enimmäkseen kettuja ja supikoiria. Pääasiallinen kohdealue on rabiesrokotusalue kaakkoisrajalla, mutta resurssien salliessa voidaan eri vuosina tutkia näytteitä myös muilta alueilta.
Aivonäytteet tutkitaan virologisesti rabieksen varalta. Rokotusalueen näytteistä rokotusten onnistumista tutkitaan vasta-ainemäärityksin sekä määrittämällä hammas- ja leukaluunäytteissä oleva rokotemerkkiaine (tetrasykliini). Lisäksi tutkitaan kaikki luonnonvaraisten eläinten rabiesepäilyt, jos eläimen käytös voi viitata raivotautiin.
Myyräekinokokkoosi
Näytteeksi kerätään yhteistyössä riistakeskusten ja paikallisten metsästäjien kanssa kettuja ja supikoiria. Näyte-eläimet ovat osin samoja kuin rabiesseurannassa, mutta otanta kohdentuu laajemmalle alueelle painottuen Etelä-Suomeen. Seurannalla pyritään osoittamaan Suomen tautivapaus, jotta maamme erikoisvaatimukset lemmikkieläinten tuonnin suhteen voidaan pitää voimassa: ekinokokkilääkitystä ei vaadita, kun koira tulee suoraan Suomeen Norjasta, Isosta-Britanniasta, Irlannista tai Maltalta. Näytteeksi otetaan suolen sisältöä, josta tunnistetaan ekinokokkiloisen DNA.
Trikinella
Trikinella-seurannassa näytteitä kerätään lihaa syövistä nisäkäslajeista koko maassa. Myös raatoja ravinnokseen käyttäviä lintulajeja tutkitaan trikinellasuvun sukkulamatojen toukkien aiheuttaman trikinelloosin varalta.
Näytteitä saadaan sekä yleisen tautiseurannan materiaalista että Luonnonvarakeskuksen (Luke) riistantutkimuksen avulla, jonne metsästäjät lähettävät kaadetut suurpedot tutkimuksia varten. Määritys perustuu lihasnäytteen tutkimiseen digestio-menetelmällä, jossa liha sulatetaan mahalaukun toimintaa vastaavalla tavalla ja löytyneistä trikiinitoukista tehdään lajimääritys multiplex PCR-tekniikalla. Suomesta on löytynyt neljä trikinellalajia: Trichinella spiralis, Trichinella nativa, Trichinella britovi ja Trichinella pseudospiralis.
Trikinellalajin suhteellisesta runsaudesta ja sen mahdollisista muutoksista kerätään tietoa, jonka avulla voidaan arvioida sikaloihin ympäristöstä kohdistuvaa infektiopainetta ja -reittejä.
Gyrodactylus salaris
Gyrodactylus salaris -seuranta on Jäämereen laskevilla ja Tornionjoen vesistöalueilla. Näytteiksi kerätään Luken sähkökalastusten ja yksityisten kalastajien avulla luonnonvaraisia merilohen jokipoikasia ja muiden villien kalojen evänäytteitä. Evät tutkitaan suoramikroskooppisesti ja löytyneiden loisten DNA:sta tehdään lajimääritys PCR-menetelmällä.
Suomella on komission myöntämä lisävakuus Gyrodactylus salaris -lohiloisen leviämisen ehkäisemiseksi luonnonvaraisen Atlantin lohen lisääntymisalueille Teno- ja Näätämöjokiin. Lisävakuus oikeuttaa estämään kalasiirrot vaarallisilta vesistöalueilta Tenolle ja Näätämölle. Jokien suojaamista säädellään myös Norjan kanssa solmitussa valtiosopimuksessa.
Seurannalla selvitetään myös Tuulomajoen latvavesistö- ja Paatsjoen alueen muodostaman puskurivyöhykkeen sekä Itämeren tärkeimmän lohijoen Tornionjoen loistilannetta.
Villien emokalojen virus- ja bakteeriperäisen munuaistaudin seuranta
Näytteet otetaan villeistä emokaloista mädinhankinnan yhteydessä. Tutkimukset painottuvat Pohjois-Suomeen. Bakteeriperäistä munuaistautia (Bacterial Kidney Disease BKD) tutkitaan bakteeriviljelyllä tai ELISA-menetelmällä. Virustautinäytteet tutkitaan virologisin menetelmin
Maamme rakennettujen ja muutoin muuttuneiden vesistöjen uhanalaisten kalakantojen talteenotto on pääasiassa Luken vastuulla. Arvokkaiden luonnonvaraisten kalakantojen geneettisen materiaalin säilyttämisen yhteydessä Ruokavirasto seuraa virusperäisten kalatautien ja BKD-taudin esiintymistä. Seurannalla pyritään siihen, että arvokkaat kalakannat pysyvät vapaina tarttuvista kalataudeista.
Villisikojen tautiseuranta
Metsästetyistä villisioista kerätään elin- ja verinäytteitä virologisiin ja bakteriologisiin tutkimuksiin (afrikkalainen sikarutto ASF, klassinen sikarutto CSF, Aujeszkyn tauti AD ja brusella). Kuolleena löytyneet ja sairaat villisiat pyritään saamaan patologiseen tutkimukseen.
2. Yleinen tautiseuranta
Yleisessä seurannassa näytteeksi kerätään kuolleena löytyneitä tai sairauden takia lopetettuja villieläimiä. Tavoitteena on pysyä ajan tasalla Suomessa esiintyvistä tartuntataudeista ja havaita hyvissä ajoin epidemiat ja uudet taudit. Alueellisesti näytteiden saanti kohdentuu sen mukaan kuin kuolleisuutta esiintyy.
Yleisen tautiseurannan näytteitä toimittavat useat tahot kuten metsästäjät, kalastajat ja muut runsaasti luonnossa liikkuvat kansalaiset, Luke, kuntien ja elinkeino-, liikenne ja ympäristökeskusten (ELY-keskukset) ympäristöviranomaiset ja rikosepäilyissä poliisi. Pihapiiristä ja taajama-alueilta löytyneitä kuolleita eläimiä toimittavat usein tutkittavaksi tavalliset kansalaiset.
Silmämääräisen arvion ja muiden ruumiinavaukseen liittyvien tutkimuslöydösten mukaan tehdään histologisia, bakteriologisia, parasitologisia ja virologisia jatkotutkimuksia kuolinsyyn määrittämiseksi. Molekyylibiologisia menetelmiä käytetään eri taudinaiheuttajien tunnistamisessa.
Kuolinsyytutkimusten lisäksi yleisen tautiseurannan näytteitä hyödynnetään useiden ihmisen tai eläinten terveydelle haitallisten tartuntatautien esiintymisen seurannassa. Näitä tauteja ovat muun muassa lintuinfluenssa, lintujen paramyxovirukset, lintujen koronavirukset, lepakkorabies, lepakoiden koronavirukset, trikinelloosi, salmonelloosi, jänisrutto, psittakoosi (papukaijakuume eli ornitoos), afrikkalainen sikarutto ja hirvieläinten näivetystauti (chronic wasting disease CWD).
Luonnonvaraiset kalat
Luonnonvaraisten kalojen joukkokuolemia tutkitaan Ruokaviraston tuotanto- ja villieläinterveyden tutkimusyksikön kaikissa kalatauteja tutkivissa toimipaikoissa (Oulu, Kuopio, Helsinki). Yleensä näissä tapauksissa toimitaan yhteistyössä paikallisen ELY-keskuksen kanssa, joka hoitaa vedenlaatuun ja ympäristöoloihin liittyvät selvitykset.
Ravut
Rapujen joukkokuolemien selvitykset tehdään Kuopion toimipaikassa. Ne keskittyvät etupäässä rapuruton tutkimiseen. Kuopion toimipaikka on ainoa suomalainen OIE:n vertailulaboratorio ja rapuasiantuntija ainoa suomalainen OIE:n tautiasiantuntija. Diagnostiikassa käytetään mykologista eli tautia aiheuttavien sienten viljelymenetelmää ja molekyylibiologisia tunnistusmenetelmiä.
Suurpedot (karhu, susi, ilves, ahma)
Suurpetojen kuolinsyitä ja niissä esiintyviä zoonooseja (eläinten ja ihmisten välillä tarttuvia tauteja) seurataan yhteistyössä Luken riistantutkimuksen kanssa. Ruokavirastoon toimitetaan tutkittavaksi kaikki maastosta kuolleena löytyneet ja poikkeuksellisen käyttäytymisen tai sairauden oireiden takia lopetetut eläimet. Ruokavirastossa otetaan omien näytteiden lisäksi Luken riistantutkimuksen tarvitsemat kudosnäytteet. Vastavuoroisesti Luke toimittaa Ruokaviraston tarvitsemat seurantatutkimusten näytteet sinne tutkittaviksi tulleista metsästetyistä suurpedoista.
Hylkeet
Ruokavirasto on mukana HELCOM-ohjelmassa (HELCOM ad hoc Seal Expert Group), jossa seurataan Itämeren hallien ja norppien terveyttä. Metsähallituksen kanssa yhteistyössä seurataan uhanalaisten saimaannorppien kuolinsyitä ja sairauksia.
Poliisien virka-apupyynnöt
Poliisin virka-apupyyntönä saadaan tutkittavaksi metsästys- tai luonnonsuojelurikosepäilyihin liittyviä näytteitä. Ruokavirastossa määritetään eläimen kuolinsyy ja arvioidaan kuolinaika. Joskus rikosepäily paljastuu normaalisti kuolinsyytutkimuksiin lähetetystä eläimestä. Oikeudenkäyntiin johtavissa rikosepäilyissä Ruokaviraston patologit toimivat oikeuden määräysten mukaan todistajina.