Jos tunnistamatonta varsaa joudutaan hoitamaan teurastuskiellon tai kuuden kuukauden varoajan aiheuttavalla lääkevalmisteella, varsa tulee tunnistaa ennen lääkitsemistä tai välittömästi lääkitsemisen jälkeen. Asiasta on säädetty hevoseläinten tunnistuksesta ja rekisteröinnistä annetun komission täytäntöönpanoasetuksen (EU) 2021/963 42 artiklassa.
Lähtökohtaisesti eläimen hoidosta vastaava eläinlääkäri tunnistaa varsan lääkitsemisen yhteydessä asettamalla siihen mikrosirun ja täyttämällä tunnistuslomakkeen. 21.4.2021 lähtien hevoseläinten mikrosiruissa on oltava sen jäsenvaltion maakoodi, jossa mikrosiru asetetaan eläimeen. Suomen Hippos ry toimittaa pyynnöstä tunnistuslomakkeita ja maakoodillisia mikrosiruja oman hinnastonsa mukaisesti myös lääkittävien varsojen hoidosta vastaaville eläinlääkäreille varsojen tunnistamiseksi.
Hoidosta vastaava eläinlääkäri merkitsee tunnistuslomakkeeseen tiedon lääkityksen aiheuttamasta teurastuskiellosta tai varoajasta, ja joko toimittaa allekirjoittamansa tunnistuslomakkeen suoraan valtuutetulle tunnistusasiakirjoja myöntävälle taholle, tai luovuttaa sen eläimen pitäjälle, jonka tulee hakea tunnistusasiakirjaa myöntävältä taholta taholta seitsemän päivän kuluessa lomakkeen päiväyksestä. Tunnistusasiakirjan myöntävä taho merkitsee tunnistuslomakkeeseen merkityn teurastuskiellon tai kuuden kuukauden varoajan tunnistusasiakirjaan.
Poikkeustapauksissa, jos hoidosta vastaavalla eläinlääkärillä ei ole käytettävissään maakoodillisia mikrosiruja, tai osaamista tunnistamiseen, voi hän sopia lääkittävän varsan tunnistamisesta tunnistusasiakirjoja myöntävän tahon tunnistajan kanssa. Tunnistajien yhteystietoja voi myös etsiä suoraan esim. Hevosjalostusliittojen sivulta. Tunnistaja voi tällöin eläinlääkärin puolesta joko ennen lääkitsemistä tai mahdollisimman pian lääkitsemisen jälkeen tunnistaa varsan asettamalla siihen mikrosirun ja täydentämällä tunnistuslomakkeen. Hoidosta vastaava eläinlääkäri voi myös itse asettaa varsaan mikrosirun, ja tunnistaja täydentää tunnistuslomakkeen. Hoidosta vastaava eläinlääkäri merkitsee tiedon lääkityksen aiheuttamasta teurastuskiellosta tai varoajasta tunnistuslomakkeeseen, jonka tunnistaja toimittaa eläinlääkärin ja itsensä allekirjoittamana tunnistusasiakirjan myöntävälle taholle.
Jos varsaan asetetaan mikrosiru vasta lääkitsemisen jälkeen, hoidosta vastaava eläinlääkäri merkitsee varsan tunnistuslomakkeeseen sen emän tunnistustiedot (emän nimi ja yksilöllinen koodi tai mikrosirun numero). Tällöin eläinlääkäri ilmoittaa lääkityksen aiheuttamasta teurastuskiellosta tai varoajasta suoraan sekä tunnistusasiakirjan myöntävälle taholle, että ko. tahon tunnistajalle, jonka kanssa on sopinut lääkityn varsan tunnistamisesta, esimerkiksi lähettämällä molemmille valokuvan tunnistuslomakkeeseen tekemistään merkinnöistä.