Elintarvikevalvontaviranomaisia velvoittaa EU:n virallisesta valvonnasta antama asetus (EU) N:o 625/2017, jonka mukaan toimivaltaisten viranomaisten on varmistettava virallisen valvonnan puolueettomuus, laatu ja yhdenmukaisuus kaikilla tasoilla (5 artiklan 1 kohdan alakohta b). Tasapuolisuus valvonnassa edellyttää, että elintarvikelainsäädännön vaatimuksia sovelletaan yhdenmukaisesti virallisen valvonnan periaatteet huomioon ottaen. Säädösten yleisten vaatimusten noudattaminen edellyttää elintarvikevalvonnalta riskiperusteista lähestymistapaa.
Elintarvikkeisiin liittyvät riskit yrityksissä vaihtelevat tavallisesti yrityksen toiminnan luonteen, laajuuden ja laadun mukaan. Ruokavirasto on laatinut ohjeen elintarvikehuoneistojen ja kontaktimateriaalitoiminnan riskiluokituksesta ja valvontatarpeen määrittämisestä.
Valvonnan tasapuolisuus tarkoittaa sitä, että valvonta ja vaatimukset ovat samanlaisia sellaisille yrityksille, joiden toiminta on samanluonteista, ‑laajuista ja ‑laatuista. Riskinarviointiin vaikuttaa myös toimijan valvontahistoria eli tiedot siitä, kuinka hyvin yrityksen aikaisempi toiminta on täyttänyt lainsäädännön vaatimukset. Riskinarvioinnissa otetaan myös huomioon, miten hyvin toimija hallitsee itse toimintansa riskejä omavalvonnallaan ja miten hyvin omavalvonnasta voidaan varmistua omavalvontatulosten kirjanpidon avulla. Valvonnan riskiperusteisuus ei tarkoita sitä, että vähäinen toiminta jätettäisiin valvonnan ulkopuolelle, koska tuotannossa saattaa olla tuotannon määrästä riippumatta suuriakin riskejä, joiden hallitsemiseen tarvitaan toimenpiteitä.
Elintarvikevalvonnan yhdenmukaisuuden varmistamiseksi Ruokavirasto tekee valvontaviranomaisille ja elintarvikealan toimijoille lainsäädännön soveltamista koskevia ohjeita ja oppaita sekä antaa vaatimuksia ja niiden valvontaa koskevia tulkintoja. Ruokavirasto järjestää myös valvontaviranomaisille ja toimijoille suunnattuja koulutuksia. Valvontaan kohdistuu lisäksi tarkastuksia ja auditointeja.
OIVA:n eli valvontatietojen julkistamishankeen avulla annetaan toimijoille ja kuluttajille tietoa elintarvikevalvonnan tuloksista. Ruokavirasto on tehnyt runsaasti ohjeita OIVA-arviointien tekemisestä ja hankkeen tavoitteena on myös yhtenäistää valvontaa.