Allergiassa ihmisen puolustusjärjestelmä puolustautuu liian voimakkaasti ja epätarkoituksenmukaisesti vieraita, harmittomiakin aineita vastaan. Allergeeni on se vieras aine, ruoka-allergiassa tietty ruoan valkuaisaine (=proteiini), joka aiheuttaa immunologisten mekanismien välittämän haitallisen reaktion. On arvioitu, että ruoka-allergiaa esiintyy Suomessa 2—4 % aikuisista ja 5—10 % lapsista.
Intoleranssilla tarkoitetaan muita yliherkkyysreaktioita kuin allergiasta johtuvia. Esimerkiksi laktoosi-intoleranssi johtuu siitä, että elimistö ei pysty pilkkomaan maidon sokeria laktoosia, koska pilkkomiseen tarvittava entsyymi puuttuu tai sitä on niukasti. Keliakiassa taas vehnän, rukiin ja ohran sisältämä valkuaisaine, gluteeni, aiheuttaa ohutsuolen limakalvolla tulehdusreaktion ja suolinukan vaurion, mikä häiritsee ravintoaineiden imeytymistä.