Ruokavirasto suosittelee punajuurta käytettäväksi ainoastaan kunnolla kypsennettynä. Ruokaviraston tietoon on tullut, että myös raa’asta punajuuresta tehty mehu tai smoothie on aiheuttanut äkillisesti rajua oksentamista. Aiemmin raaka punajuuriraaste on aiheuttanut ruokamyrkytysepidemioita.
Perinteisesti punajuurta on käytetty nimenomaan kypsäksi keitettynä joko sellaisenaan tai etikkaan säilöttynä. Tällä tavalla valmistettuna punajuuren ei ole todettu aiheuttaneen sairastumisia. Punajuurta voi turvallisesti käyttää myös vaikkapa uunijuureksena, sosekeitoissa ja leivonnassa.