Punajuurta suositellaan käytettäväksi vain kunnolla kypsennettynä
Raakana tarjottu punajuuriraaste on aiheuttanut useita ruokamyrkytysepidemioita. Epidemiat ovat olleet pääosin yksittäisiä.
Vuonna 2010 epidemioissa sairastui yli 100 henkilöä. Kaikissa tapauksissa kotimainen punajuuri oli tarjottu raakaraasteena henkilöstöravintoloissa, päiväkodeissa tai kouluissa. Epidemioissa sairastuneiden yleisimmät oireet olivat pahoinvointi ja vatsakivut. Lisäksi raportoitiin päänsärkyä, väsymystä ja oksentelua. Monilla oireet alkoivat nopeasti (alle tunnin kuluessa ruokailusta) ja kestivät lyhyen aikaa (muutamia tunteja). Mikrobiologissa tutkimuksissa punajuurissa ei todettu ruokamyrkytyksiä aiheuttavia mikrobeja tai niiden tuottamia toksiineja. Myöskään potilasnäytteiden tutkimuksissa ei todettu oireita selittäviä löydöksiä.
Ruokavirasto suosittelee punajuurta käytettäväksi ainoastaan kunnolla kypsennettynä.
Punajuuri ruoanvalmistuksessa
Perinteisesti punajuurta on käytetty nimenomaan kypsäksi keitettynä joko sellaisenaan tai etikkaan säilöttynä. Tällä tavalla valmistettuna punajuuren ei ole todettu aiheuttaneen sairastumisia. Punajuurta voi turvallisesti käyttää myös vaikkapa uunijuureksena, sosekeitoissa ja leivonnassa. Tuttuja punajuuriruokia ovat esimerkiksi jouluinen rosolli, Lindströmin pihvit ja borssikeitto.