Ruokavirastossa muuntogeenisten siementen valvonnan tavoitteena on varmistaa, että markkinoilla oleva kylvösiemen täyttää säädösten vaatimukset. Muuntogeenisten siementen valvonta on osa tavanomaista siementen valvontaa.
Muuntogeenisten siementen valvonta perustuu asiakirjavalvontaan sekä näytteenottoon ja näytteiden analysointiin, jossa käytetään validoituja menetelmiä ja analysointi suoritetaan akkreditoidussa laboratoriossa. Yhteisötasoisesti muuntogeenisten siementen merkitsemiselle ei ole säädetty kynnysarvoja, ts. siemenerissä ei hyväksytä yhtään muuntogeenisiä siemeniä. Muuntogeenisten siementen valvontaviranomaisina toimivat siemenlain ja geenitekniikkalain mukaiset valvontaviranomaiset.
Suomessa saa markkinoida vain sertifioitua siementä ja geenitekniikalla muunnettua siementä saa tuottaa ja markkinoida vain jos siemen on hyväksytty EU:ssa viljelykäyttöön joko EU asetuksen 1829/2003 tai geenitekniikkalain mukaisesti. EU asetus 1830/2003 säätelee muuntogeenisten organismien (siementen), elintarvikkeiden ja rehujen jäljitettävyyttä ja merkitsemistä.