Laatujärjestelmä vaaditaan kaikilta lannoitevalmisteiden valmistajilta. Vastuu laatujärjestelmän laadinnasta ja toimivuudesta on lannoitevalmisteen valmistajalla. Valmistajalla tarkoitetaan tahoa, joka valmistaa taikka suunnitteluttaa tai valmistuttaa lannoitevalmistetta ja pitää kyseistä lannoitevalmistetta kaupan omalla nimellään tai tavaramerkillään. Laatujärjestelmän avulla valmistaja varmistaa, että lannoitevalmisteen valmistus ja valmis lannoitevalmiste täyttävät niille lainsäädännössä asetetut vaatimukset. Valmistajan on tunnettava lannoitevalmisteiden laadun kannalta kriittiset valmistus- ja käsittelyvaiheet ja valvottava niitä. Laatujärjestelmä vastaa sisällöltään kumotun lannoitevalmistelain 539/2006 mukaista omavalvontajärjestelmää.
Käsiteltäessä eläimistä saatavia sivutuotteita laatujärjestelmään on sisällytettävä HACCP-järjestelmä. Nimi HACCP tulee englanninkielisistä sanoista Hazard Analysis and Critical Control Points, vaarojen arviointi ja kriittiset hallintapisteet. Kriittisellä hallintapisteellä (CCP) tarkoitetaan tuotannon vaihetta, johon hallinta voidaan kohdistaa ja joka on tärkeä turvallisuutta uhkaavan vaaran ehkäisemiseksi, poistamiseksi tai vähentämiseksi hyväksyttävälle tasolle.
Laatujärjestelmä on laadittava kirjallisena ja toimitettava Ruokavirastoon toiminnan aloitusilmoituksen liitteenä. Järjestelmä on pidettävä ajan tasalla. Kun toiminnassa tapahtuu olennaisia muutoksia, on päivitetty laatujärjestelmä toimitettava Ruokaviraston lannoitevalvontaan.
Laatujärjestelmän sisältö
Laatujärjestelmään on sisällytettävä valmistusta, laadunvalvontaa ja laadunvarmistusta koskevat tekniikat, prosessit ja toimenpiteet. Laatujärjestelmän on lisäksi katettava ennen valmistusta, valmistuksen aikana ja valmistuksen jälkeen tehtävät tarkastukset ja testit sekä niiden suoritustiheys. Lannoitevalmisteen valmistajan on huolehdittava siitä, että lannoitevalmisteiden valmistuksen eri vaiheissa työskentelevät työntekijät on perehdytetty laatujärjestelmään ja toimivat sen mukaisesti.
Laatujärjestelmän laadintaa varten on laadittu laatujärjestelmäohje kansallisten lannoitevalmisteiden valmistajille.