Ruokavirastossa muuntogeenisten tuotteiden valvontaan kuuluvat muuntogeenisten siementen, muuntogeenisten rehujen, muuntogeenisten elintarvikkeiden sekä gmo-kenttäkokeiden valvonta.
EU:ssa on hyväksytty viljeltäväksi useita muuntogeenisiä peltokasvilajikkeita. Muuntogeenisia sinisiä neilikkalajikkeita on hyväksytty EU:ssa käytettäväksi vain leikkokukkana, mutta niitä ei saa viljellä EU-maissa. EU:ssa hyväksyttyä muuntogeenistä maissia, soijaa ja rapsia saa tuoda EU:n alueelle käytettäväksi rehuissa ja elintarvikkeissa.
Kaikissa muuntogeenisissä tuotteissa tulee olla geenitekniikan käytöstä kertovat merkinnät, joista kuluttaja tunnistaa tuotteet.
Ruokavirasto toimii myös kansallisena yhteysviranomaisena muuntogeenisten rehujen ja elintarvikkeiden sekä viljelyyn hyväksyttävien gmo:jen EU asetuksen 1829/2003 mukaisessa hyväksymismenettelyssä.