Vuosittain järjestettävä kansallisten kampylobakteerivertailulaboratorioiden (NRL) kokous järjestettiin toista kertaa peräjälkeen etäkokouksena COVID-19-pandemian vuoksi. Kokouksessa oli 68 osallistujaa 27 EU-jäsenvaltiosta, kolmesta EFTA-jäsenvaltiosta, kahdesta EU-jäsenyyttä hakevasta maasta, EU-komissiosta (DG SANTE), EFSA:sta, ECDC:stä, SSI:stä (Statens Serum Institute, Tanska) ja EU:n kampylobakteerivertailulaboratoriosta (EURL). Kokouksen esitysmateriaali julkaistaan EURL:n verkkosivuilla.
EURL:n johtaja Hanna Skarin kertoi EURL:n ajankohtaisista aktiviteeteista. EURL:n tehtävänä on (1) varmistaa, että NRL:illa on käytössään pätevät menetelmät ja laboratoriot ovat päteviä menetelmien käytössä, (2) tarjota tieteellistä ja teknistä tukea NRL:ille, (3) tarjota tieteellistä ja teknistä tukea EU-komissiolle ja muille organisaatioille (ml. CEN/ISO-standardointiyhteistyö) sekä (4) ylläpitää vertailumateriaalikokoelmia.
Menetelmien osalta suunnitteilla on ISO 10272:2017 –standardin (kampylobakteerien osoittaminen ja määrittäminen) validoiminen laajasti elintarvikematriiseille (broad range of foods) eli validoinnin laajentaminen tuoretuotteisiin (fresh produce). Validointi suunnitellaan toteutettavan vuonna 2023. Standardin ISO 10272:2017 (osat 1 ja 2) ensimmäiset muutokset ovat DIS-äänestyksessä aikavälillä 23.11.2021-15.2.2022. Muutokset koskevat: kolmen informatiivisen liitteen lisäämistä (kolme PCR-menetelmää ja laboratorioiden välisen vertailututkimuksen tulokset), elatusainetestausta (taulukko B1), Preston-liemen koostumusta ja indoksyyliasetaattitestiä. C. upsaliensis -kannoilla indoksyyliasetaattitestin sininen värireaktio saattaa jäädä heikoksi (eli positiivinen tulos epäselväksi) 10 min inkubaatiossa, minkä vuoksi ehdotetaan 20 min lisäinkubaatiota epäselvissä tapauksissa.
EURL-Campylobacter tekee parhaillaan menetelmäyhteystyötä kahdessa EURL-yhteistyöryhmässä: NGS (next generation sequencing) genotyypitys (mukana kahdeksan EURL:ää) ja mittausepävarmuus (mukana kolme EURL:ää). NGS-ryhmä on tuottanut ohjeistusta benchmarking- ja klusterianalyyseistä julkaistavaksi EURL:ien verkkosivuilla. Lisäksi NGS-ryhmä koostaa ja ylläpitää kokogenomisekvenssidatan vertailumateriaalikokoelmaa sekä järjestää koulutusta NRL:ille kokogenomisekvensoinnin data-analyyseistä (seuraava koulutus Roomassa kesällä/syksyllä 2022).
Mittausepävarmuuden saralla tavoitteena on tuottaa lista oleellisten matriisien arvioiduista epävarmuuksista, joita on tutkittu yhteistyössä NRL-verkoston kanssa heinä-lokakuussa 2021. Lisäksi tuotetaan ohjeistusta kampylobakteerien lukumäärän määrittämiseen liittyvän mittausepävarmuuden arvioimiseksi elintarvikeketjussa standardin EN ISO 19036:2019 mukaisesti. NRL:llä on mahdollisuus kommentoida ohjeistusta aikavälillä 30.9.-30.11.2021. Seuraavalla vertailumittauskierroksella (PT 31, pakollinen) kysytään myös mittausepävarmuudesta. NRL:ille tarjotaan koulutusta mittausepävarmuudesta webinaarina ja Pariisissa vuonna 2022 (ajankohtaa ei vielä päätetty).
Helena Höök (EURL) esitteli ajankohtaista ISO-standardointityötä. Menetelmien verifiointia koskeva standardi EN ISO 16140-3:2021 julkaistiin tammikuussa 2021. Standardiin liittyvää lisämateriaalia (ohjeistusta ja webinaaritallenne) on saatavilla ISO:n verkkosivulta.
EURL:n henkilökunta (Helena Höök, Ásgeir Ástvaldsson ja Bo Segerman) kertoi vertailumittauskierroksien tuloksista ja tulevista vertailumittauskierroksista. Vuonna 2021 järjestettiin kaksi vertailumittauskierrosta NRL:ille: kampylobakteerien määrittäminen kaaliraasteesta (PT 29, vapaaehtoinen) ja kampylobakteerien osoittaminen ja lajitunnistus raakamaidosta (PT30, pakollinen). Laboratoriot pärjäsivät pääsääntöisesti hyvin: 32/33 laboratoriota sai hyväksyttävät tulokset PT 29-kierroksella ja 33/36 laboratoriota PT 30-kierroksella. EURL:llä oli haasteita erityisesti kaalinäytteiden stabiilisuuden kanssa (liittyen todennäköisesti kylmäkuivuriin), minkä vuoksi tuloksia ei voinut käyttää ISO 10272:2017 –standardin validoinnin laajentamisessa tuoretuotteisiin. Vuonna 2022 suunnitelmissa on järjestää kolme vertailumittauskierrosta NRL:lle: määrittäminen ja lajitunnistus broilerinnahasta (PT 31, pakollinen, 10 näytettä), osoittaminen ja lajitunnistus vasikoiden tai sikojen ulosteista tai umpisuolista (PT 32, vapaaehtoinen, 10 näytettä) sekä kokogenomisekvensointi ja klusterianalyysi (PT 33, vapaaehtoinen, 8 gDNA-näytettä). Näytteet lähetetään 7.3.2022 ja vastausaikaa on 6 viikkoa (PT 31, 32) tai 3 kuukautta (PT 33).
Kerstin Stingl Saksan NRL:stä esitteli vertailutuloksia kasvusuplementin lisäämisestä Preston-rikastukseen. Vertailussa oli mukana yhteensä 99 eri eläin- ja elintarvikelähteistä peräisin olevaa kantaa (40 C. jejuni, 34 C. coli ja 25 C. lari), joista tehtiin neljä rikastusta (100 pmy/10 ml): Preston, Preston kasvusuplementilla, Bolton 24 h ja Bolton 48 h. Vertailussa oli mukana eri valmistajien Preston-selektiivisuplementteja. Kasvusupplementin lisääminen paransi kampylobakteerien, erityisesti C. colin ja C. larin, toteamista Preston-rikastuksella. Kasvusuplementti puskuroi Preston-selektiivisuplementin kampylobakteerille toksisia (rifampicin ja polymyxin B) vaikutuksia, mutta vaikutus vaihteli selektiivisuplementtierien (valmistajien) välillä. Bolton-rikastus oli kuitenkin Preston-rikastusta tehokkaampi, myös 24 h inkubaation jälkeen. Näin ollen Bolton-rikastusta suositellaan näytteille, joissa ei ole odotettavissa merkittävää ESBL-taustakasvua. Samansuuntaisia tuloksia saatiin laboratorioiden välisellä vertailumittauskierroksella broilerinnahasta Saksassa vuonna 2021: kasvusuplementti paransi kampylobakteerien toteamista Preston-rikastuksella, mutta Bolton-rikastus oli Preston-rikastusta tehokkaampi. Esityksen jälkeen käydystä keskustelusta selvisi, että joissakin maissa pakastuselatusaineeseen lisätään kasvusuplementtia, mikä on parantanut kampylobakteerikantojen pitkäaikaissäilyvyyttä -80°C:ssa.
Hanna Skarin (EURL) kertoi EURL-NRL kollaboratiivisesta tutkimuksesta kampylobakteerin viljelemiseksi raakamaidosta vuonna 2020. Tutkimuksessa selvitettiin raakamaidon säilytysajan ja pH:n (I osa: määrittäminen) sekä rikastusliemen (II osa: osoittaminen) vaikutusta kampylobakteeriviljelytuloksiin. Osallistujat (I osassa 6 laboratoriota 5 maasta ja II osassa 8 laboratoriota 7 maasta) käyttivät tutkimuksessa keskenään samaa kampylobakteerikantaa (maidosta eristetty C. jejuni), mutta eri raakamaitoa, jonka kukin hankki itse paikallisesti. Tutkimuksessa havaittiin, että kampylobakteerimäärä väheni raakamaidon säilytyksen aikana erityisesti 24 h jälkeen. Tämän vuoksi kampylobakteeriviljely raakamaidosta suositellaan aloitettavan mahdollisimman pian, mieluiten 24 h kuluessa näytteenotosta. Raakamaidon pH-säädöllä ei havaittu vaikutusta kampylobakteerimääriin. Bolton-rikastus osoittautui Preston-rikastusta tehokkaammaksi kampylobakteerin osoittamisessa erityisesti pienillä kampylobakteeripitoisuuksilla, vaikkakin kasvusuplementin lisääminen saattoi tehostaa Preston-rikastusta.
Frank Boelart EFSA:sta esitteli EU:n zoonoosiraporttia vuodelta 2019. Raportti julkaistiin poikkeuksellisesti vasta helmikuussa 2021 COVID-19-pandemian vuoksi. Ihmisten kampylobakteerioosin tapausmäärissä ei ole tapahtunut merkittävää muutosta viiden viimeisen vuoden aikana (2015–2019). Kampylobakterioosi on edelleen eniten raportoitu ihmisten zoonoottinen suolistoinfektio EU:ssa (ja on ollut vuodesta 2005 alkaen). Vuonna 2019 EU:ssa raportoitiin 220 682 varmistettua kampylobakteerioositapausta (ilmaantuvuus 59.7 per 100 000 asukasta). Suurin osa (94,4 %) infektioista, joissa alkuperä tiedettiin, saatiin EU:n alueelta. Kampylobakteeri oli kolmanneksi yleisin ruokamyrkytysepidemian aiheuttaja EU:ssa vuonna 2019: 18 jäsenvaltiota raportoi yhteensä 319 epidemiaa. Yleisin epidemianlähde oli broilerin liha ja maito edellisvuosien tapaan. Mikrobikriteeriasetuksen mukaisia tutkimuksia broilerin ruhojen kaulanahkanäytteistä raportoi EFSA:an 7 jäsenvaltiota osana viranomaisvalvontaa (3 346 näytettä) ja 7 jäsenvaltiota osana toimijoiden omavalvontaa (15 323 näytettä). Kampylobakteeripositiivisia näytteitä oli viranomaisvalvonnassa 41 % ja omavalvonnassa 13 %. Raja-arvon 1 000 pmy/g ylitti viranomaisvalvonnassa 15 % ja omavalvonnassa 7 % näytteistä. Valmiiksi syötävistä ruoista kampylobakteeripositiivisia oli 0,2 % ja ei-valmiiksi syötävistä ruoista 20,6 %. Esityksen jälkeen käydystä keskustelusta selvisi, että ECDC ei kerää enää ollenkaan dataa UK:sta, ja EFSA:kin raportoi UK:n tulokset kolmantena maana.
Eva Møller Nielsen (SSI) kertoi meneillään (vuosina 2021–2024) olevasta projektista
FWD AMR-RefLabCap, jossa viritellään humaanipuolen laboratorioiden vertailulaboratorioyhteistyötä salmonellan ja kampylobakteerin antimikrobiresistenssin (AMR) saralla. Mukana on tällä hetkellä 43 laboratoriota 36 maasta. Projektin päämääränä on tukea maita parantamaan AMR-seurantadatan validiteettia ja tarkkuutta. Monissa maissa ei ole ollenkaan kansallista vertailulaboratoriota AMR-seurantaan humaaninäytteistä. Tarkoituksena on myös tukea menetelmien modernisointia ja vahvistaa maiden NRL:ien roolia paikallislaboratorioiden tukemisessa (vastaavasti kuin EFSA eläinpuolella). Nielsen kertoi myös uudesta vastajulkaistusta tutkimuksesta(1), jonka havaintona jopa 50 % Tanskan ihmisten kampylobakteeri-infektioista aiheutuisi kannoista, jotka kokogenomisekvenssien perusteella liittyivät epidemioihin (eli muodostivat geneettisiä klustereita).
Lisäksi kokouksessa keskusteltiin NRL:ien kokemuksista vertailumittausten järjestäjänä. Aiheen alustukseksi Elina Lahti (EURL) esitteli yhteenvetoa NRL:ille lähetetyn kyselyn tuloksista ja Miriam Koene kertoi omia kokemuksiaan Alankomaiden NRL:stä. Sen jälkeen osallistujat jaettiin pienryhmiin, joissa sai vapaasti keskustella omista kokemuksista vertailumittauskierrosten järjestäjänä. Monissa maissa koettiin vaikeaksi löytää kampylobakteerinegatiivista matriisia vertailumittauskierrosten järjestämistä varten.
Elisabeth Reperant Ranskan NRL:stä esitteli Campylobacter hepaticus -menetelmiä. C. hepaticus aiheuttaa pilkullista maksasairautta broilereilla, ja se on aiheuttanut paikallisia epidemioita broilereilla Ranskassa.
Seuraava kokous järjestetään Ruotsin Sigtunassa aikavälillä 26.-28.9.2022.
(1) Whole genome sequencing data used for surveillance of Campylobacter infections: detection of a large continuous outbreak, Denmark, 2019, June 2021 Eurosurveillance 26(22) DOI: 10.2807/1560-7917.ES.2021.26.22.2001396
Lisätietoja:
erikoistutkija Anniina Jaakkonen, anniina.jaakkonen@ruokavirasto.fi
erikoistutkija Satu Olkkola, satu.olkkola@ruokavirasto.fi