År 2009 utfördes en s.k. EU-djurskyddsinspektion på 561 produktionsgårdar. Under inspektionerna inspekterades djurhållningsförhållandena för drygt 360 000 djurindivider. Särskilt allvarliga försummelser, som ledde till brådskande åtgärder i avsikt att säkerställa djurens välmående, uppdagades på två gårdar. Allt som allt inrapporterades förfaranden som stred mot djurskyddsbestämmelserna på cirka 19 procent av gårdarna. Det är något mindre än år 2008, då 22 procent av gårdarna inte till alla delar uppfyllde kraven på djurens välmående.
Hos får och getter som för första gången inspekterades i samband med EU-djurskyddsinspektionerna uppdagades försummelser i var tredje inspektion, vilket var klart mer än hos de andra djurslagen. På två nötkreatursgårdar uppdagades grova försummelser i kalvarnas djurhållningsförhållanden och på dessa gårdar vidtogs brådskande åtgärder i avsikt att säkerställa djurens välmående. I det stora hela var problemen som konstaterades för olika djurslag i hög grad de samma som under tidigare år också.
År 2009 bestämdes att 752 gårdar skulle inspekteras. Det utgör cirka 1,5 % av alla kalvgårdar, 3 % av svingårdarna, 7 % av värphönsgårdarna, cirka 7 % av ank- och gåsfarmerna, 2 % av får- och getgårdarna och 5 % av pälsfarmerna. Denna gång var exceptionellt många (12 %) av gårdarna som inspekterades sådana gårdar, på vilka det vid inspektionstidpunkten inte fanns några djur. Det minskade antalet verkställda inspektioner jämfört med tidigare år.
EU:s medlemsstater utövar tillsyn över att minimikraven gällande skyddet av produktionsdjur följs genom att årligen inspektera en representativ mängd produktionsdjursgårdar. En del av gårdarna väljs som inspektionsobjekt genom slumpmässigt urval och en del utgående från vissa riskfaktorer som fastställts för olika djurslag. År 2009 utfördes inspektionerna av de kommunala veterinärerna på uppmaning av länsstyrelserna. Från och med år 2010 svarar de 15 nya länsveterinärer, som denna vår anställts av regionförvaltningsverken, för EU-djurskyddsinspektionerna.
Under inspektionerna utövas detaljerad tillsyn över att gården följt gällande djurskyddslagstiftning. Om försummelser konstateras under inspektionerna, uppmanas producenten rätta till försummelsen inom utsatt tid, varefter en ny inspektion utförs. Försummelserna kan gälla till exempel brister i bokföringen, brist på stimulerande material, brister i djurhållningsplatsens konstruktioner och ett för stort antal djur i förhållande till utrymmet. Vid behov vidtas brådskande åtgärder i avsikt att säkerställa djurens välmående. Man ser till exempel till att djuren får foder och vatten och att en djurskötare tar hand om djuren eller att djuren tas om hand på någon annan plats. Om det inte är möjligt eller ändamålsenligt att ta hand om djuren, kan de avlivas eller sändas till slakt.
EU-djurskyddsinspektionerna inleddes år 1998 med tillsyn över kalv- och svingårdar. Sedan år 2000 har årligen utövats tillsyn också över pälsfarmer och värphönsgårdar med över 350 hönor. Åren 2008—2009 breddades tillsynen att gälla också ank- och gåsfarmer och får- och getgårdar. Utöver kalvarna är också vuxna nötdjur i år föremål för tillsyn och år 2011 också broilerkycklingar. Framöver utförs EU-djurskyddsinspektioner också för andra slag av produktionsdjur.
Kalvar
På kalvgårdar utfördes 334 inspektioner och i 19 procent av dessa inspektioner konstaterades förfaranden som strider mot djurskyddsbestämmelserna. År 2008 konstaterades försummelser på 28 procent av kalvgårdarna och andelen försummelser sjönk således tydligt. Å andra sidan uppdagades på hela två gårdar grova försummelser som ledde till att inspektören vidtog brådskande åtgärder. På dessa gårdar rättades djurhållningsförhållandena, utfodringen och vattningen till omedelbart i samband med inspektionen. Man befallde att de djur som var i sämst skick skulle avlivas.
Liksom under tidigare år också gällde över hälften av de uppdagade försummelserna djurhållningsplatsens renlighets-, säkerhets- och utrymmeskrav.Pproblemet var oftast att kalvarna hölls i för små, smutsiga och fuktiga enkalvsboxar eller gruppboxar eller att kalvarna hölls i enkalvsbox över den tillåtna åldern. På 11 gårdar påträffades kalvar bundna, fastän det enligt lagstiftningen är förbjudet att hålla under ett halvt år gamla nötdjur bundna. På flera gårdar hade kalvarna inte heller tillgång till tillräckliga mängder friskt dricksvatten. Bokföringsbristernas andel av försummelserna var under 4 % och största delen av de uppdagade försummelserna gällde faktorer som direkt påverkar kalvarnas välmående.
Svin
Man inspekterade 96 svingårdar. Förfaranden som strider mot djurskyddsbestämmelserna uppdagades på 18 procent av de inspekterade gårdarna. Det är ungefär samma nivå som under tidigare år. Den mest typiska försummelsen på svingårdar var liksom under tidigare år också brist på stimulans- och bobyggnadsmaterial. På var femte gård gavs svinen inte tillräckligt med stimulerande material, såsom halm eller torv eller också gavs suggorna inte lämpligt material för bobygge före grisningen. Fortsättningsvis förekom också brister i de reserv- och alarmsystem som krävs med tanke på störningar i luftväxlingsanordningen. På fyra gårdar konstaterades att galtkultingar hade kastrerats äldre än vad lagstiftningen tillåter. Liksom under tidigare år också berodde cirka tio procent av försummelserna som uppdagades på svingårdar på brister i bokföringen.
Värphöns
Man inspekterade sammanlagt 51 hönsgårdar med över 350 värphöns. 67 % av de inspekterade hönsgårdarna var hönsgårdar med inredda eller oinredda burar och resten hönsgårdar med frigående höns (i ett eller flera plan). I cirka 18 % av inspektionerna konstaterades förfaranden som strider mot djurskyddsbestämmelserna. Jämfört med år 2008 steg antalet försummelser med över tio procentenheter. Det torde bero på att riskvärderingen inom tillsynen blivit effektivare. Över 70 % av alla uppdagade försummelser konstaterades i hönsgårdar med frigående höns där hönorna hölls för trångt och utan tillräckligt med utrymme att äta och dricka. I många höngårdar med frigående höns fanns inte heller tillräckligt med sitt- och värputrymme. I burhönsgårdarna var problemet oftast att hönorna saknade utrustning för kloslipning. Brister i bokföringen konstaterades inte på en enda hönsgård.
Pälsdjur
Resultaten av tillsynen över pälsfarmer var klart bättre än året innan. Endast på två (6 %) av de 34 inspekterade pälsfarmerna konstaterades brister i efterföljande av djurskyddsbestämmelserna. På bägge farmerna var problemet att burarna saknade de sitthyllor som krävs för rävar, men brister förekom också i bokföringen och tillgången på tugg- och stimulansmaterial. Året innan uppfyllde 18 procent av farmerna inte till alla delar minimikraven i lagstiftningen och år 2007 påträffades brister ännu på 29 procent av farmerna.
Ankor och gäss
Ank- och gåsfarmer inspekterades första gången år 2008, då man på två av 11 farmer konstaterade förfaranden som strider mot djurskyddsbestämmelserna. År 2009 inspekterades sammanlagt sju ank- och gåsfarmer, av vilka alla uppfyllde minimikraven i lagstiftningen.
Får och getter
År 2009 inspekterades för första gången 27 fårgårdar och 11 getgårdar. På 29 % av fårgårdarna och 36 % av getgårdarna konstaterades förfaranden som strider mot djurskyddsbestämmelserna. De vanligaste försummelserna för såväl får som getter hänförde sig till djurhållningsplatsen renlighet och säkerheten hos djurhållningsplatsen konstruktioner. Bristen på en ren och torr liggplats var också ett problem på några fårgårdar.