I alla skeden av produktionen måste man se till att fodret skyddas från potentiella faktorer som kan leda till att fodret kontamineras och förfars. Sådana faktorer är till exempel
- en mikrobiologisk sjukdomsalstrare i marken eller vattnet,
- rester av gödselmedel och växtskyddsmedel,
- faktorer som beror på att avfall hanterats eller bortskaffats på felaktigt sätt,
- skadedjuren,
- fågelspillning.
Också djurens strö måste skyddas mot kontaminering, eftersom djuren kanske äter av ströet fastän det inte är foder. Foder och strö ska bytas ut tillräckligt ofta och man måste se till att de inte börjar ruttna. Resultaten av relevanta analyser som utförts på prover från foder av betydelse för fodersäkerhet måste beaktas i produktion.
De utrymmen, anordningar, behållare och transportmedel som används när man tillverkar, hanterar, förpackar, lagrar, transporterar och utfodrar djur foder ska rengöras regelbundet och vid behov desinficeras efter rengöringen. Också djurens dricksanordningar måste rengöras regelbundet. Djurens dricksvatten och det vatten som används för rengöring av anordningar och redskap måste vara rent. Tiden mellan spridning av stallgödsel och bärgning av foder eller betesgångmåste vara tillräckligt lång så att gödseln inte förorenar fodret. Om man använder något organiskt gödselfabrikat, exempelvis kött- och benmjöl och stallgödsel, måste karenstiden mellan spridningen av gödselfabrikatet och foderbärgning eller betesgång vara minst 21 dygn. Vid betesutfodring och foderbärgning måste man också ta hänsyn till fastställda karenstider för växtskyddsmedlen.
Det foderutdelningssystem som är i bruk på gården måste säkerställa att djuren får bara foder som är avsett för dem. Framför allt till exempel efter tillverkning, hantering och användning av foderläkemedel ska fordonen och utrustningen för foderhantering och utfodring rengöras så att man undviker att kontaminera följande foderparti. Rengörings- och desinfektionskemikalier ska användas enligt bruksanvisningarna. Också andra biocider, dvs. bekämpningsmedel mot skadliga organismer, gödselmedel och växtskyddsmedel ska förvaras, hanteras och användas enligt tillverkarens anvisningar. De, liksom också farliga ämnen, utsäde och avfall, måste hanteras och förvaras åtskilt från foder och djurhållningsplatser. Foder och foderläkemedel avsedda för olika djurgrupper och djurslag ska förvaras så att de inte ges åt sådana djur som de inte är ämnade för. Den person som ansvarar för djurens utfodring ska ha de kunskaper och färdigheter som behövs för uppgiften.