Vid allergi försvarar sig människans försvarsmekanism alltför starkt och oändamålsenligt mot främmande, också harmlösa ämnen. En allergen är det främmande ämne, vid matallergi ett visst protein i maten, som orsakar en omedelbar skadlig reaktion som förmedlas via de immunologiska mekanismerna. Man har beräknat att matallergi i Finland förekommer hos 2—4 % av vuxenbefolkningen och hos 5—10 % av barnen.
Med intolerans avses andra överkänslighetsreaktioner än de som allergi orsakar. Laktosintolerans beror till exempel på att kroppen inte kan spjälka mjölksockret laktos, eftersom det enzym som spjälkningen kräver saknas eller utsöndras i för små mängder. Vid celiaki orsakar åter proteinet gluten som förekommer i vete, råg och korn en immunologisk reaktion i tunntarmens slemhinnor och skador på tarmluddet, vilket stör upptagningen av näringsämnen.