Tillsynen över genetiskt modifierade livsmedel utgör en del av den sedvanliga livsmedelstillsynen som bygger på näringsidkarens egenkontroll och kontroller av den. Näringsidkaren, såsom en importör eller tillverkare, svarar för att hans produkter följer bestämmelserna, även för den genetiska modifieringens del. Tillverkaren ska veta om använda råvaror är genetiskt modifierade eller inte. Om genetiskt modifierat material används vid tillverkning av en produkt, ska detta nämnas i märkningarna på förpackningen.
De kommunala livsmedelstillsynsmyndigheterna utövar enligt Livsmedelsverkets anvisningar tillsyn över hur egenkontrollen omsätts i praktiken i enlighet med systemet OIVA. Livsmedelstillsynsmyndigheterna kan med hjälp av stickprov kontrollera att märkningarna på förpackningen håller streck och vid behov med hjälp av analyser utreda om en produkt innehåller genetiskt modifierat material eller inte. Inom myndighetstillsynen över den inhemska livsmedelstillverkningen tas också årligen riskbaserat cirka 10 livsmedelsprover i enlighet med Livsmedelsverkets tillsyns- och provtagningsanvisningar.
Eftersom genetiskt modifierade växter inte odlas för livsmedelsbruk i Finland, är genetiskt modifierade livsmedel alltid införda produkter. Tullen utövar tillsyn över att livsmedlen som införs till Finland från länder utanför Europas gränser och från andra medlemsländer i EU överensstämmer med bestämmelserna. Tullen analyserar årligen 150-200 livsmedelsprover med tanke på förekomst av genetiskt modifierat material. Mer information om Tullens tillsyn finner du på webbplatsen http://tulli.fi/sv/om-tullen.