De kommunala livsmedelstillsynsmyndigheterna utövar enligt Livsmedelsverkets anvisningar tillsyn över hur egenkontrollen omsätts i praktiken i enlighet med systemet OIVA.
Inom myndighetstillsynen över inhemska genetiskt modifierade (gm) livsmedel tas också årligen riskbaserat cirka 10 livsmedelsprover i enlighet med Livsmedelsverkets tillsyns- och provtagningsanvisningar. Provtagningen inriktas i första hand på tillsynen över tillverkningen, men marknadstillsynsprover kan också tas.
Provtagningen inriktas riskbaserat på sådana råvaror eller färdiga livsmedel, som eventuellt innehåller gm-ingredienser (såsom soja, majs, raps, (asiatiskt) ris, papaya). Ekologiska produkter och sådana produkter som påstås vara "GMO-fria" omfattas också av tillsynen. Proverna tas allt enligt möjlighet av råvarorna som används vid tillverkning. Så blir det möjligt att utöva tillsyn över produkter som kommer ut på marknaden redan i början av deras produktionscykel.
Tullen utövar tillsyn över att livsmedlen som införs till Finland från länder utanför Europas gränser och från andra medlemsstater i EU överensstämmer med bestämmelserna. Tullen analyserar årligen 150 - 200 livsmedelsprover med tanke på förekomst av genetiskt modifierat material. Mer information om Tullens tillsyn finner du på webbplatsen http://tulli.fi/web/tullilaboratorio/etusivu.