Linfrön innehåller av naturen en cyanogen glykosid, linamarin. Linamarinet sönderfaller under matsmältningsprocessen och då frigörs cyanvätesyra det vill säga cyanid. I litteraturen har ändå inte inrapporterats att linfrön eller linkross orsakar cyanidförgiftningar. Vilka inverkningar som linamarinet i lin har på lång sikt vet vi inget om och dess eventuella skadeverkningar är sannolikt endast direkta. Linamarinet sugs lättare upp ur linfrökross än ur hela linfrön. Toxisk cyanid frigörs ändå så långsamt att halterna i kroppen inte stiger till en farlig nivå om kross inte intas i mycket stora engångsdoser. Upphettning minskar också bildningen av cyanväte eller hindrar bildningen helt i rostade linprodukter.
Linet liksom också några andra oljeväxter har en naturlig benägenhet att samla tungmetaller ur marken, särskilt kadmium, i sina frön. Av den orsaken har Livsmedelsverket gett anvisningar om säker användning av oljeväxtfrön (linfrön och linkross inberäknade): hur livsmedel används på ett säkert sätt. Enligt rekommendationen borde vuxna inta högst 2 msk (cirka 15 g) linfrön eller andra oljeväxtfrön om dagen varierande olika produkter. För barn kan portionen vara cirka hälften av portionen för vuxna (1 msk, 6–8 g). Linfrön som sådana, som kross eller som upplösta rekommenderas inte alls för spädbarn eller för gravida eller ammande kvinnor.
Livsmedelsverket anser att det nuvarande rekommenderade intaget av oljeväxtfrön är tillräckligt lågt för att skydda konsumenten mot hälsorisker som såväl tungmetallerna som linamarinet medför.
Information som tillhandahålls konsumenterna
I märkningarna på förpackningen till livsmedel ska finnas nödvändiga bruksanvisningar, om en säker användningen av livsmedlet det förutsätter. För linfrönas och linfrökrossets del kunde det vara motiverat att vägleda konsumenterna att inta linprodukter i enlighet med Livsmedelsverkets rekommendationer.