Livsmedelsverket leds av generaldirektören och verket har tre linjer och två verksamhetshelheter:
- Landsbygdstjänsterna ansvarar i egenskap av Finlands utbetalande organ för administrationen av och tillsynen över att medlen från stödordningarna och programmet för utveckling av landsbygden i Fastlandsfinland betalas och används korrekt.
- Linjen för livsmedelskedjan ansvarar för tillsynen över säkerheten hos och kvaliteten på livsmedel och jord- och skogsbrukets produktionsförnödenheter – utsäde, foder, gödselfabrikat, växtförökningsmaterial, skogsodlingsmaterial och växtskyddsmedel –, djurens hälsa och välbefinnande samt växters sundhet.
- Laboratorie- och forskningslinjen ansvarar för diagnostiken av djur- och växtsjukdomar, laboratorieundersökningar av livsmedel, foder, gödselmedel, växtskyddsmedel och växter, laboratorieanalytiken av tillsyns- och uppföljningsprover, referenslaboratorieverksamheten samt riskvärderingen. Linjen bedriver också vetenskaplig forskning och upprätthåller den forskningsinfrastruktur som behövs på det nationella planet inom respektive sektor.
- Verksamhetshelheten för interna tjänster ansvarar för personal- och ekonomifrågor, tjänster för dem som använder lokaliteterna samt dokumentförvaltning och dataskydd, juridiska tjänster och upphandlingar.
- Verksamhetshelheten för digitala tjänster ansvarar för den centraliserade styrningen och samordningen av informationsförvaltningen, utvecklingen av och kontinuiteten hos Livsmedelsverkets informationssystem samt ICT-anskaffningarna och informationssäkerheten. Dessutom ansvarar verksamhetshelheten för de IT-tjänster som Livsmedelsverket producerar åt externa kunder.
Den interna revisionen och staben är direkt underställda generaldirektören.
Dessutom har Livsmedelsmarknadsombudsmannen, som är en självständig och oberoende aktör, placerats i Livsmedelsverket.