I samarbete med andra myndigheter planerar Livsmedelsverket de riksomfattande målen för tillsynen över livsmedelskedjan samt åtgärderna för att uppnå dem. När verksamheten planeras beaktas bland annat verksamhetsområdets strategier och handlings- och ekonomiplaner, statsbudgeten och resultatavtalet mellan jord- och skogsbruksministeriet och Livsmedelsverket.