År 1999 inkom det från de kommunala tillsynsmyndigheterna rapporter om 89 matförgiftninsepidemier,av vilka 83 var livsmedelsburna och sex dricksvattenburna epidemier. Uppgifterna finns sammanställda i det av Livsmedelsverket hållna nationella matförgiftningsregistret.
Antalet epidemier var i stort sett på samma nivå som föregående år. Antalet insjuknade (2124) var dock avsevärt mindre än under år 1998 (9660). Omkring två tredjedelar av sjukdomsfallen (1654) hade smittats genom livsmedel. Vattenepidemierna år 1999 var av betydligt mindre omfattning än år 1998. I den största av 1999 års vattenepidemier insjuknade dock 200 personer.
År 1999 observerades två exceptionellt allvarliga genom livsmedel spridda epidemier; den ena förorsakades av Listeria monocytogenes i smör, den andra var ett fall av botulism i fiskrom. I listeriaepidemin konstaterades samma typ av L. monocytogenes både hos de drabbade och i smöret. Antalet listeriosfall i Finland av den här epidemistammen var 25. Den största delen av de insjuknade var personer med nedsatt motståndskraft; för sex av dem hade sjukdomen dödlig utgång. Smittan hade spritts genom besmittat smör. Smöret hade kontaminerats via ett mejeris apparatur.
Fiskrom som förvarats alltför varmt gav en person botulism. Både i rommen och i patientens avföring påträffades höga halter botulinumtoxin samt bakterien Clostridium botulinum typ E. Tack vare att sjukdomen snabbt kunde diagnostiseras kunde rätt inriktad behandling ges, varför patienten överlevde. Fiskrommen ifråga var inte en kommersiell produkt, utan den drabbade personen hade själv samlat rommen från egenhändigt fångad fisk.
År 1999 inrapporterades åtta salmonellaepidemier. Fyra av dessa förorsakades av den vanligaste salmonellatypen i Finland, SalmonellaTyphimurium, fagtyp 1. De här fyra epidemierna hade också nära samband med varandra. De två första fick sin början i färskost som tillverkats av kontaminerad mjölk som fåtts direkt från en ladugård. I de två följande fallen hade nedsmittade personer spritt sjukdomen genom att tillreda mat till familjefester. En sällsynt salmonellatyp, S. Typhimurium fagtyp 193, förorsakade en epidemi som spreds genom alfalfagroddar.
Antalet inrapporterade salmonellaepidemier år 1999 var betydligt fler än föregående år. Situationen kan dock inte anses vara oroväckande; fortfarande är sjukdomsfallen av salmonella sällsynta i Finland, något som också stöds av resultaten i det nationella salmonellaövervakningsprogrammet för produktionsdjur.
Den vanligaste orsaken till matförgiftningsepidemier var kalikivirus, som förorsakade 16 epidemier (18 %). I utredningen av två epidemier konstaterades smittokällan ha varit utländska djupfrysta hallon som använts i tårtor. Dricksvatten förorenat av kalikivirus antas ha orsakat fyra vattenepidemier. Tre av dessa hade att göra med förorening av grundvattenanläggningar medan en epidemi spritts genom vattnet i en enskild brunn. En vattenepidemi bland barn på en lägerskola berodde på, att brunnsvattnet var förorenat av campylobacter.