Euroopan yhteisössä saa markkinoida vain EU:ssa hyväksyttyjä muuntogeenisiä elintarvikkeita ja rehuja. Vuodesta 1996 alkaen on EU:ssa hyväksytty useita muuntogeenisiä elintarvikkeita ja rehuja (maissi, soija, rapsi, puuvilla, sokerijuurikas). Myös muuntogeenisen kasvin viljelyyn tarvitaan hyväksyntä. Viljeltäväksi EU:ssa on hyväksytty vain yksi muuntogeeninen maissi.
Euroopan komission rekisteri hyväksytyistä muuntogeenisistä organismeista
Muuntogeeniset organismit hyväksytään tiettyihin käyttötarkoituksiin ja hyväksyntä on voimassa 10 vuotta. Hyväksytyt gm-organismit on koottu EU:n komission ylläpitämään rekisteriin (ajantasaista tietoa EU:ssa hyväksytyistä muuntogeenisistä organismeista englanniksi).