Hakemuksen jättäminen
Muuntogeenisiä elintarvikkeita ja rehuja koskevat lupahakemukset toimitetaan Suomessa Ruokavirastoon. Koska muuntogeenisten elintarvikkeiden ja rehujen turvallisuusarviointi ja hyväksyminen tapahtuu keskitetysti yhteisötasolla, Ruokavirasto toimittaa lupahakemukset edelleen viipymättä EFSAlle.
Hakemuksen turvallisuusarviointi
EFSA antaa lausunnon hakemuksessa tarkoitetun tuotteen turvallisuudesta. Vaikka EFSA vastaa muuntogeenisten elintarvikkeiden ja rehujen turvallisuusarvioinnista, voi se myös pyytää jäsenvaltion toimivaltaista elintä suorittamaan turvallisuusarvioinnin. Suomessa muuntogeenisen elintarvikkeen turvallisuusarvioinnista vastaa Ruokavirasto. Geneettisesti muunnettujen organismien tarkoituksellisesta levittämisestä ympäristöön annetun direktiivin 2001/18/EY tarkoittamasta ympäristöriskien arvioinnista vastaa geenitekniikan lautakunta. Jos hakemus koskee siemeninä tai muuna kasvinlisäysaineistona käytettäviä muuntogeenisiä organismeja, niitä sisältäviä tai niistä koostuvia elintarvikkeita tai rehuja, EFSA pyytää jäsenvaltion toimivaltaista viranomaista tekemään ympäristöriskien arvioinnin.
Lausunto
EFSA toimittaa lausuntonsa, jossa esitetään myös lausunnon perustelut, komissiolle, jäsenvaltioille ja hakijalle. EFSA julkaisee lausunnon kotisivuillaan, jonka jälkeen yleisön on mahdollista esittää siitä huomautuksia komissiolle 30 päivän ajan.
Päätöksentekomenettely
Euroopan komissio tekee EFSAn lausunnon saatuaan päätösehdotuksen, jota käsitellään komission kasveja, eläimiä, elintarvikkeita ja rehuja käsittelevän pysyvän komitean (PAFF Committee) "muuntogeeniset elintarvikkeet ja rehu ja ympäristöriskit" -jaostossa (GMFF Section).
Toimivaltaiset tahot, eli elintarvikkeiden ja rehujen osalta maa- ja metsätalousministeriö ja ympäristöasioiden osalta sosiaali- ja terveysministeriön geenitekniikan lautakunta, muodostavat yhteistyössä Suomen kansallisen kannan ennen asian käsittelyä komission pysyvässä komiteassa.