Tiivistelmä:
Elintarvikevälitteisten bakteerien kokogenomisekvensoinnista on tullut tärkeä strateginen tavoite kansanterveystyössä ympäri maailman, mutta tekniikan käyttöönottoa hidastaa yhteisten IT-järjestelmien puuttuminen ja osaamiskynnys uuden tekniikan käyttöönottoon. INNUENDO-hankkeessa kehitetään ohjelmistoalustaa ja kommunikointiprotokollaa kokogenomisekvensointiin pohjautuvan epidemianselvityksen tarpeisiin, erityisesti pienten maiden rajalliset resurssit huomioiden. Alustassa hyödynnetään alleelieroihin pohjautuvaa, yhteisen nomenklatuurin mahdollistamaa genomien vertailua (wgMLST), mitä varten geneettinen eroavaisuus kalibroidaan hankkeessa bakteerikohtaisesti (STEC, kampylobakteeri, yersinia ja salmonella). Genomivertailun lisäksi alustalla analysoidaan joustavasti esimerkiksi virulenssi- ja resistenssigeenejä. Lisäksi hankkeessa luodaan automaattinen työvuo sekvenssikoontien laadunvarmistukseen ennen analyysejä, ja alustan toimivuus validoidaan simuloimalla kansallista ja kansainvälistä epidemianselvitystä.
Tavoitteet:
Hankkeen tavoitteena on kehittää viranomaistahojen välille yhteinen alusta kokogenomisekvensointitulosten hyödyntämiseksi elintarvikevälitteisten epidemioiden selvityksessä ja taudinaiheuttajien valvonnassa.
Asiasanat:
kokogenomisekvensointi, WGS, elintarviketurvallisuus, STEC, kampylobakteeri, yersinia, salmonella
Hankkeen vastuullinen johtaja:
Mirko Rossi, apulaisprofessori, ELT, Helsingin yliopisto
Ruokaviraston hankevastaava:
Marjaana Hakkinen, jaostopäällikkö, FT, mikrobiologian yksikkö
Yhteistyötahot:
Helsingin yliopisto;
Lissabonin yliopisto;
Baskimaan yliopisto;
Wienin eläinlääketieteellinen yliopisto;
Terveyden ja hyvinvoinnin laitos (THL);
Portugalin kansanterveyslaitos;
Eestin eläinlääketieteen ja ruokaturvallisuuden laboratorio;
Latvian elintarviketurvallisuuden, eläinten terveyden ja ympäristön instituutti;
Hankkeen vaihe:
Käynnissä
Aloitusvuosi:
2016
Lopetusvuosi:
2019
Hankkeen rahoitukseen osallistuu:
European Food Safety Authority (GP/EFSA/AFSCO/2015/01/CT2)
Ruokavirasto projektikoodi:
4080Y-000042
Verkkosivu: http://www.innuendoweb.org/