Ruokavirastoa johtaa pääjohtaja, ja organisaatiossa on on kolme linjaa ja kaksi toimintakokonaisuutta:
- Maaseutulinja vastaa Suomen maksajavirastona tukijärjestelmien ja Manner-Suomen maaseudun kehittämisohjelman varojen maksamisen ja käytön asianmukaisesta hallinnosta ja valvonnasta.
- Elintarvikeketjulinja vastaa elintarvikkeiden ja maa- ja metsätalouden tuotantotarvikkeiden – siemenet, rehut, lannoitevalmisteet, kasvien lisäysaineistot, metsänviljelyaineisto ja kasvinsuojeluaineet – turvallisuuden ja laadun, eläinten terveyden ja hyvinvoinnin sekä kasvinterveyden valvonnasta.
- Laboratorio- ja tutkimuslinja vastaa eläin- ja kasvitautien diagnostiikasta, elintarvikkeiden, rehujen, lannoitteiden, kasvinsuojeluaineiden ja kasvien laboratoriotutkimuksista, valvonta- ja seurantanäytteiden laboratorioanalytiikasta, vertailulaboratoriotoiminnasta sekä riskinarvioinnista. Linja tekee myös tieteellistä tutkimusta ja pitää yllä kansallisesti tarvittavaa tutkimusinfrastruktuuria toimialoillaan.
- Sisäisten palvelujen toimintakokonaisuus vastaa henkilöstö- ja talousasioista, toimitilojen käyttäjäpalveluista sekä asiakirjahallinnosta ja tietosuojasta, oikeudellisista palveluista ja hankintatoimesta.
- Digitaalisten palvelujen toimintakokonaisuus vastaa keskitetystä tietohallinnon ohjauksesta ja koordinoinnista, Ruokaviraston tietojärjestelmien kehityksen ja jatkuvuuden turvaamisen tuottamisesta sekä ICT-hankinnoista ja tietoturvasta. Lisäksi toimintakokonaisuus vastaa Ruokaviraston ulkoisille asiakkaille tuotettavista IT-palveluista.
Pääjohtajan suorassa alaisuudessa toimivat sisäinen tarkastus ja esikunta.
Lisäksi Ruokavirastoon on sijoitettu Elintarvikemarkkinavaltuutetun toimisto, joka on itsenänen ja riippumaton toimija.