E. coli on tavallinen tasalämpöisten eläinten paksu- ja umpisuolessa esiintyvä bakteeri. Sen määrä on tyypillisesti 10–100 miljoonaa solua grammassa suolen sisältöä. E. coli-bakteerin eristys ja alustava tunnistus on yksinkertaista ja se soveltuu muun muassa näistä syistä hyvin antibioottiresistenssin indikaattoribakteeriksi. Lämpökestoisia kolimuotoisia bakteereita käytetään ilmaisemaan ulosteperäistä saastutusta esimerkiksi talousvedessä. E. coli edustaa indikaattorina gramnegatiivisia bakteereita.
Resistenssi eläinten E. coli -indikaattoribakteereilla
Resistenssin esiintymistä on seurattu säännöllisesti vuodesta 2002 alkaen sioista, naudoista ja broilereista eristetyistä E. coli -bakteereista. Näytteet otetaan teurastuksen yhteydessä terveistä eläimistä. Indikaattoribakteereita kerätään vuorovuosin eri eläinlajeista.
Broilerit
Broilereista eristetyissä E. coli -indikaattoribakteereissa resistenssiä todetaan suhteellisen vähän. Viime vuosikymmenen aikana resistenssiä on todettu joillekin antibiooteille korkeimmillaan noin 10 %, paitsi vuonna 2018, jolloin ampisilliiniresistenssi oli noin 13 %. Ampisilliiniresistenssin lisäksi eniten resistenssiä on todettu siprofloksasiinille, sulfametoksatsolille, tetrasykliinille ja trimetopriimille. Siprofloksasiiniresistenssiä todettiin vuonna 2022 enemmän kuin aiemmin, noin 8 %. Vuonna 2022 eniten resistenssiä todettiin tetrasykliinille (10 %) Tuotantopolven broilereita ei Suomessa ole vuoden 2009 jälkeen lääkitty, mikä osaltaan heijastunee hyvään resistenssitilanteeseen.
Kuvaan on valittu pääsääntöisesti ne antibiootit, joille resistenssiä on esiintynyt eniten.
MIC-jakauma: Broilereilta eristettyjen E. coli -bakteerien resistenssi antibiooteille vuonna 2022 (pdf)
Siat
Sioista eristetyissä E. coli -indikaattoribakteereissa resistenssiä on todettu eniten ampisilliinille, streptomysiinille, sulfametoksatsolille tetrasykliinille ja trimetopriimille. Havaittu resistenssi heijastelee osittain niitä antibioottiryhmiä, joita sikojen lääkinnässä tiedetään käytettävän. Tetrasykliiniresistenssiä on todettu eniten, mutta vuodesta 2013 vuoteen 2019 resistenttien kantojen osuus on laskenut vuosittain, ja vuonna 2021 se säilyi vuoden 2019 tasolla n. 14 %:ssa. Vuonna 2023 tetrasykliinille resistenttien kantojen osuus kuitenkin nousi 16,5 %:iin. Myös ampisilliinille resistenttien kantojen osuus kasvoi, ja niitä oli 12,9 % vuonna 2023 (8,2 % vuonna 2021). Sulfametoksatsoli- ja trimetopriimiresistenssi ovat vähentyneet vuodesta 2015. Vuonna 2023 sulfametoksatsolille resistenttien kantojen osuus oli 11,8 % ja trimetopriimille resistenttien 10 %. Streptomysiiniresistenssin seuraaminen E. coli -indikaattoribakteereilla lopetettiin vuonna 2014 koko Euroopassa. Siprofloksasiiniresistenssiä on todettu koko seurantajaksolla vuodesta 2004 alkaen vain vähän (0–2 %). Vuonna 2023 resistenttien kantojen osuus oli 0,6 %.
Kuva. Resistenssin esiintyminen sioista eristetyillä E. coli -indikaattoribakteereilla vuodesta 2004 (pdf)
Kuvaan on valittu pääsääntöisesti ne antibiootit, joille resistenssiä on esiintynyt eniten.
MIC-jakauma: Sioilta eristettyjen E. coli -bakteerien resistenssi antibiooteille vuonna 2023 (pdf)
Naudat
Naudoista eristetyissä E. coli -indikaattoribakteereissa resistenssiä on todettu vain vähän. Eniten resistenssiä on todettu streptomysiinille (vuonna 2012 noin 5 %), mutta sen seuraaminen lopetettiin vuonna 2014. Kaikille muille tutkituille antibiooteille resistenssi on ollut Suomessa vieläkin vähäisempää.
Kuvaan on valittu pääsääntöisesti ne antibiootit, joille resistenssiä on esiintynyt eniten.
MIC-jakauma: Naudoilta eristettyjen E. coli -bakteerien resistenssi antibiooteille vuonna 2020 (pdf)
Indikaattoribakteerien resistenssin merkitys Suomessa
Resistenssin esiintyminen E. coli -indikaattoribakteereilla on Suomessa pysynyt resistenssiseurannan aloittamisesta alkaen varsin maltillisella tasolla. Resistenssiä todetaan Suomessa yleisesti ottaen selvästi vähemmän kuin EU-maissa keskimäärin. Resistenssiä on todettu eniten sioista ja vähiten naudoista eristetyistä indikaattoribakteereista.