Vuonna 1999 kunnalliset valvontaviranomaiset ilmoittivat 89 ruokamyrkytysepidemiaa, joista 83 oli elintarvikevälitteistä ja kuusi talousvesivälitteistä epidemiaa. Tiedot kerättiin Elintarvikeviraston ylläpitämään valtakunnalliseen ruokamyrkytysrekisteriin. Epidemioiden määrä pysyi samalla tasolla kuin vuonna 1998. Sairastuneiden määrä (2124) oli huomattavasti pienempi kuin edellisenä vuonna (9660). Noin kaksi kolmasosaa sairastumisista (1654) tapahtui elintarvikkeiden välityksellä. Vesiepidemiat olivat kooltaan edellistä vuotta huomattavasti pienempiä. Suurimmassa vesiepidemiassa sairastui 200 henkilöä.
Vuonna 1999 tuli tietoon kaksi poikkeuksellisen vakavaa elintarvikevälitteistä epidemiaa; voin välityksellä levinnyt Listeria monocytogenes–epidemia ja mädin aiheuttama botulismitapaus. Listeriaepidemiassa potilaista ja voista otetuissa näytteissä todettiin sama L. monocytogenes tyyppi. Tämän epidemiakannan aiheuttamia listerioositapauksia todettiin Suomessa 25. Suurintosa sairastuneista oli vastuskyvyltään heikentyneitä henkilöitä, joista kuusi menehtyi. Tartunta levisi saastuneen voin välityksellä. Saastuminen tapahtui meijerin laitteistosta.
Liian lämpimässä säilytetty mäti aiheutti botulismin yhdelle henkilölle. Sekä mädistä että potilaan ulosteesta osoitettiin korkeat pitoisuudet botulinumtoksiinia sekä tyypin E Clostridium botulinum –bakteereita. Mahdollisuus nopeaan taudinmääritykseen johti asianmukaisiin hoitotoimenpiteisiin, joiden ansiosta potilas selvisi botulinummyrkytyksestä. Kyseinen mäti ei ollut kaupallinen tuote, vaan sairastunut henkilö oli kerännyt mädin itse pyytämistään kaloista.
Vuonna 1999 raportoitiin kahdeksan salmonellaepidemiaa. Niistä neljä epidemiaa aiheutti sama Suomessa yleisin salmonellatyyppi, Salmonella Typhimurium faagityyppi 1. Nämä neljä epidemiaa liittyivät läheisesti toisiinsa. Kaksi ensimmäistä saivat alkunsa saastuneesta tinkimaidosta valmistetusta tuorejuustosta. Kahdessa seuraavassa tartunnan saanut henkilö oli infektion lähde valmistaessaan ruokaa sukujuhliin. Harvinainen S. Typhimurium faagityyppi 193 aiheutti epidemian sinimailasen itujen välityksellä. Vuonna 1999 salmonellaepidemioita ilmoitettiin huomattavasti edellisvuotta enemmän. Tilannetta ei ole kuitenkaan syytä pitää huolestuttavana. Salmonellojen aiheuttamat sairastumiset ovat Suomessa edelleen vähäisiä, mitä tukee kansallisen tuotantoeläinten salmonellavalvontaohjelman tulokset.
Yleisin ruokamyrkytysepidemioiden aiheuttaja oli kalikivirus, jonka ilmoitettiin aiheuttaneen 16 epidemiaa (18 %). Kahden epidemian tutkimuksissa vadelmakakkuun käytetyt ulkolaiset pakastevadelmat osoitettiin epidemian lähteeksi. Kalikiviruksen saastuttama juomavesi oli todennäköinen syy neljään vesiepidemiaan. Niistä kolme liittyi pohjavesilaitoksen ja yksi yksittäisen kaivon saastumiseen. Leirikoulussa juomavetenä käytetty kampylobakteerin saastuttama kaivovesi oli syynä vesiepidemiaan leirikoululaisten keskuudessa.